Akatsuki (暁, "Morgendämmerung") ist eine Organisation von Kriminellen. Alle Mitglieder sind Verbrecher, die ihre Heimatdörfer hintergangen und sich zusammengeschlossen haben. Das Ziel der Organisation ist im Endeffekt die Weltherrschaft. Akatsuki wird zuerst während dem 1.Teil von Naruto vorgestellt, nimmt aber erst im 2.Teil, in Naruto Shippūden, eine wichtige Rolle ein. Der Gründer von Akatsuki ist Madara Uchiha.

Akatsuki ist eine weit verbreitete Organisation, deren Mitglieder durchgehend zwischen den Reichen hin- und herreisen. Ihre zahlreichen Agenten sind in vielen Dörfern auf der ganzen Welt tätig. Diese Agenten arbeiten jeweils für einzelne Mitglieder, und das aus verschiedensten Gründen: Sasori hat einige Agenten in einem Zustand der Gedankenkontrolle, um sie als Spione einzusetzen. Kakuzu hingegen hat eine Gruppe von Leuten, die sich um seine Finanzen kümmert. Weil die einzelnen Mitglieder oft weit von einander entfernt sind, ist ein persönliches Treffen nur schwer möglich. Dafür können sie über eine Form der Telepathie miteinander kommunizieren. Auch können sie Sitzungen halten, bei denen die abwesenden Mitglieder als Projektion anwesend sind. Im zweiten Teil der Serie finden solche Treffen häufiger statt, bedingt durch ihre erhöhte Aktivität.

Akatsuki hat zu keiner Zeit mehr als 10 Mitglieder. Es ist kein Kriterium bekannt, um in die Organisation einzutreten. Die Mitglieder haben die Beziehungen zu ihren Heimatstädten abgelegt und sind als Kriminelle der Klasse S eingetragen, die gefährlichsten und meistgesuchten Personen der Serie.

Mitglieder von Akatsuki arbeiten grundsätzlich in Zweier-Teams. Die Teams werden erstellt, um die einzelnen Fähigkeiten und Talente der Mitglieder zu vervollständigen und ein perfektes Duo zu kreieren. Hidan und Kakuzu nutzen zum Beispiel Hidans Unsterblichkeit zu ihrem Vorteil, indem Kakuzu Fernkampfangriffe auf jene einsetzt, die von Hidan in einen Nahkampf verwickelt werden. Hidan überlebt diese Angriffe, was für die Gegner fatal ist. Zetsu bildet eine Ausnahme, denn er arbeitet immer alleine. Auch ein Mitglied, dessen Partner verstorben ist, arbeitet alleine, bis ihm ein neuer Partner zugeteilt wird. Die Mitglieder entwickeln eine Art Beziehung zu ihren Partnern, die etwas wie Loyalität zu ihm schafft. Allerdings kümmern sich die Mitglieder nicht um die Schicksale ihrer Partner, ihr Interesse gilt dann lediglich dem, der stark genug war, ihn zu töten.

Rechter Daumen: 零 rei, "Null"; wird getragen von Pain.
Rechter Zeigefinger: 青龍 Seiryū, der azurblaue Drache; wurde getragen von Deidara.
Rechter Mittelfinger: 白虎 Byakko, der weiße Tiger; wird getragen von Konan.
Rechter Ringfinger: 朱雀 Suzaku, der zinnoberrote Vogel; wurde getragen von Itachi Uchiha.
Rechter kleiner Finger: 玄武 Genbu, die schwarze Schildkröte; wird getragen von Zetsu.
Linker kleiner Finger: 空陳 Kūchin, der Äther; wurde getragen & mitgenommen von Orochimaru.
Linker Ringfinger: 南斗 Nanju, der südliche Stern; wird getragen von Kisame Hoshigaki.
Linker Mittelfinger: 北斗 Hokuto, der nördliche Stern; wurde getragen von Kakuzu.
Linker Zeigefinger: 三台 santai, "drei Ebenen"; wurde getragen von Hidan.
Linker Daumen: 玉女 gyokunyo, die Jungfrau oder Ball; wird derzeit getragen von Tobi, davor von Sasori.

Akatsuki arbeitete anfänglich im Verborgenen, vollzog Attentate und unternahm Spionage, ohne großes Aufsehen zu erregen. Manche Mitglieder benutzen ihre Stellung in Akatsuki, um ihre eigenen Ziele zu erreichen; Kakuzu zum Beispiel, trat der Organisation bei, da es so für ihn einfacher war, Geld zu verdienen. Einige Zeit nach dem Start der Serie allerdings, wird Akatsuki erheblich aktiver. So erledigen die Mitglieder die Aufgaben, die ihnen zugeteilt werden, um ihr ultimatives Ziel zu erreichen: Herrschaft über die Welt von Naruto. Der repräsentive Leiter der Organisation, Pain, hat einen 3-stufigen Prozess entwickelt, um zu diesem Ziel zu gelangen. Zuerst wollen sie eine hohe Summe an Geld sammeln, um ihre Organisation zu finanzieren. Danach wollen sie eine Söldnergruppe aufstellen, die einzig und allein Akatsuki treu ist. Um einen guten Ruf zu erlangen, haben sie vor, jede Art von Mission anzunehmen, weit unter den üblichen Kosten und führen diese durch das in 1.Schritt erhaltene Kapital durch. Da es keine Kriege in der letzten Zeit gegeben hatte, können sich die Ninjadörfer es sich nicht leisten, so wenig Geld zu verlangen. Daher heuern die kleineren Dörfer Akatsuki statt den teuren Ninjadörfern an. Durch die Bijū kann Akatsuki jederzeit Kriege anfangen und sofort wieder beenden, um dadurch ihren guten Ruf noch zu verstärken und jedes Land von ihnen abhängig zu machen. Da die Ninjadörfer nun keine Arbeit mehr hätten, würden sie an mangelndem Kapital zugrunde gehen. Da Akatsuki nun die einzige größere Ninja-Macht wäre, könnten sie ohne Probleme die anderen Reiche erobern. Obwohl dieser Plan so gewaltig und heftig ist, wissen nicht alle Mitglieder beim Eintritt in die Organisation davon; Hidan zum Beispiel fand es erst heraus, nachdem er einige Zeit Mitglied war.
Der Fokus der meisten Handlungen von Akatsuki, vor allem während Shippūden, liegt bei den Bijū (neun gigantische Monster, mit unvorstellbaren Kräften). Jedes Team ist beauftragt, eines der 9 Bijū lebendig einzufangen. In den meisten Fällen sind die Ziele die Personen (Jinchūriki), in denen die Monster versiegelt sind. Derzeit hat Akatsuki 7 der 9 Monster eingefangen. Es fehlen der Hachibi und der Kyūbi.
Sobald einer der Dämonen eingefangen wurde, wird er zum nächsten Geheimversteck von Akatsuki gebracht, wo die restlichen Mitglieder durch Projektion erscheinen. Pain beschwört eine riesige Statue eines menschenähnlichen Monsters, während der Bijū, oder sein Träger, davor platziert wird. Die Mitglieder nehmen dann ihren Platz auf dem Finger der Statue ein, welcher zu dem Ring passt, den sie immer tragen. Dann wird der Bijū in der Statue versiegelt. Für die Versiegelung erscheinen 9 drachenähnliche Bildnisse aus dem Mund der Statue, um den Bijū zu versiegeln oder gegebenfalls erst den Bijū aus seinem Träger zu entfernen. Die Prozedur dauert drei komplette Tage.
Innerhalb von Akatsuki gibt es verschiedene Ansichten über die Verwendung der Bestien; Tobi erwähnt, dass sie seinem Sharingan seine volle Stärke zurück geben könnten. Pain wiederrum hat vor, sie als Massenvernichtungswaffen einzusetzen und der Welt somit zu zeigen, dass die Schmerzen, die sie durch den Krieg erleiden wird, sie erwachsen werden lässt